IKEM vznikl v roce 1971 integrací šesti do té doby samostatných výzkumných ústavů: Ústavu klinické a experimentální chirurgie, Ústavu pro choroby oběhu krevního, Ústavu pro výzkum výživy lidu, Výzkumného ústavu experimentální terapie, Výzkumného ústavu pro využití radioizotopů v lékařství a Výzkumného ústavu pro elektroniku a modelovaní v lékařství. Jejich integrací vznikl největší vědeckovýzkumný ústav se třemi specializovanými centry:
- Kardiocentrum
- Transplantcentrum
- Centrum diabetologie
V IKEM se každoročně uskuteční téměř 1 300 kardiochirurgických operací, 1000 katetrizačních ablací, 1200 angioplastik a přes 800 implantací ICD a kardiostimulátorů. Je zde prováděno více než 60 % všech orgánových transplantací ČR. IKEM zajišťuje 100 % všech transplantací tkání produkujících inzulin (pankreas, Langerhansovy ostrůvky), jako jediné centrum v ČR provádí transplantace dělohy a multiviscerální transplantace včetně transplantace tenkého střeva. Unikátní jsou programy párových výměn ledvin, život zachraňujících transplantací jater metodou split, a to včetně transplantací u nejmenších dětí. Jedinečný je program péče o nemocné s tzv. diabetickou nohou. Jako jediné centrum ČR se IKEM se podílí na vývoji a implantacích mechanických srdečních podpor HeartMate.
