Články v této sekci stručně charakterizují konkrétní organizační složky českého zdravotního systému na národní a regionální úrovni.
Stejně jako ostatní resorty je i ministerstvo zdravotnictví ústředním orgánem státní správy. Na starost má především oblast zdravotní péče a ochrany veřejného zdraví. Ministerstvo zdravotnictví rovněž řídí řadu dalších organizací.
Státní zdravotní ústav je příspěvkovou organizací ministerstva zdravotnictví. Jeho postavení a úkoly jsou stanoveny § 86 zákona č. 258/2000 Sb., o ochraně veřejného zdraví a o změně některých souvisejících zákonů, ve znění pozdějších předpisů, a opatřením ministryně zdravotnictví čj: 31334/2002 ze dne 17. 12. 2002. Statutárním orgánem ústavu je ředitel, kterého jmenuje a odvolává na návrh hlavního hygienika České republiky ministr zdravotnictví. Sídlem ústavu je Praha.
Státní ústav pro kontrolu léčiv (SÚKL) je organizační složkou státu, jeho nadřízeným orgánem je Ministerstvo zdravotnictví České republiky (MZ ČR). Ústav působí v oblasti regulace léčiv a zdravotnických prostředků v souladu s právními předpisy a mezinárodními dohodami. Posláním ústavu je zajistit, aby v ČR byla dostupná pouze kvalitní, účinná a bezpečná humánní léčiva, a aby byly používány pouze bezpečné a funkční zdravotnické prostředky.
Ústav zdravotnických informací a statistiky České republiky („dále jen ÚZIS ČR“ nebo „Ústav“) je organizační složkou státu, jejímž zřizovatelem je Ministerstvo zdravotnictví. Podle zákona č. 372/2011 Sb., o zdravotních službách a podmínkách jejich poskytování (zákon o zdravotních službách), je ÚZIS ČR správcem Národního zdravotnického informačního systému (NZIS).
Agentura pro zdravotnický výzkum České republiky (AZV ČR) je organizační složkou státu v přímé působnosti Ministerstva zdravotnictví České republiky. Je samostatnou účetní jednotkou a jejím základním účelem je podpora aplikovaného výzkumu ve zdravotnictví v souladu se zákonem č. 130/2002 Sb., o podpoře výzkumu, experimentálního vývoje a inovací z veřejných prostředků a o změně některých souvisejících zákonů.
Krajské hygienické stanice (KHS) jsou správním úřadem zřízeným § 82 odst.1 zákona č. 258/2000 Sb., o ochraně veřejného zdraví a o změně některých souvisejících zákonů. Patří mezi orgány ochrany veřejného zdraví a jsou přímo řízeny Ministerstvem zdravotnictví České republiky.