Distribuce datové sady
Základní informace
V rámci zveřejňování dat z Národního registru hrazených zdravotních služeb (NRHZS) a Informačního systému infekční nemocí vznikla datová sada přinášející informace průběhu epidemie COVID-19 v České republice ve formě anonymizovaných dat. Datová sada vzniká v souladu s národní metodikou tvorby otevřených dat a je dostupná v národním katalogu.
Jeden záznam (řádek) datové sady obsahuje informaci o jedné osobě a infekci s informacemi o její pozitivitě, hospitalizaci a očkování proti COVID-19. Pokud osoba neprodělala COVID-19 a ani nebyla očkována její řádek obsahuje pouze základní informace jako je pohlaví, kategorie let narození, případné úmrtí a DCCI.
Interpretace a informační hodnota a případné limity
Datová sada je odvozena z dat Národního registru hrazených zdravotních služeb (NRHZS) (parametr DCCI a Long COVID), databáze zemřelých (Datum úmrtí) a Informačního systému infekčních nemocí. Jeden záznam (řádek) hodnotí jednu infekci pacienta. Pro zasazení záznamu do časového kontextu jsou uváděny roky a týdny jednotlivých sledovaných událostí, pokud nastaly. Osoba má v datové sadě tolik záznamů, kolikrát prodělala infekci COVID-19. Pakliže infekci neprodělala ani jednou, je uveden, a právě na jednom řádku.
Z důvodu ochrany osobních údajů fyzických osob je limitována úroveň detailu popisných charakteristik (sada neobsahuje geografickou stratifikaci a rok narození je agregován do rozsahu let).
V NZIS jsou evidované údaje určené explicitně pouze pro účely uvedené v § 70 odst. 1 zákona o zdravotních službách, zejména statistické účely. Nejedná se tedy o referenční údaje ve smyslu § 2 písm. b) zákona č. 111/2009 Sb., o základních registrech, ve znění pozdějších předpisů, které jsou dle § 4 odst. 4 téhož zákona považovány za správné, pokud není prokázán opak nebo pokud nevznikne oprávněná pochybnost o jejich správnosti. ÚZIS ČR neodpovídá za věrohodnost údajů evidovaných v NZIS, ani nemá k dispozici podklady na základě, kterých jsou tyto údaje do NZIS zapisovány a není možné z těchto dostupných údajů dovodit jejich správnost pro účely stanovené jinými právními předpisy.
Ústav zdravotnických informací a statistiky České republiky (ÚZIS) neposkytuje žádné záruky ohledně přesnosti, úplnosti nebo spolehlivosti dat. Jakékoli závěry, analýzy nebo interpretace vycházející z těchto dat jsou výhradní odpovědností uživatele. ÚZIS nenese odpovědnost za žádné škody nebo následky způsobené použitím těchto dat. V případě produkce chybných nebo zavádějících výsledků nemůže být ÚZIS použit jako odkaz či záruka správnosti těchto výsledků.
Příklady použití
Na základě této datové sady lze hodnotit epidemiologii COVID-19 v populaci ČR včetně časového vývoje. Kromě absolutních hodnot lze v kombinaci s dalšími datovými zdroji o populaci ČR počítat také standardizované hodnoty – např. přepočet na 100 000 obyvatel, a to souhrnně i s ohledem na pohlaví a věk pacienta.
Typické příklady využití dat:
- Incidenci lze odvodit z počtu záznamů (řádků), kde se hodnocený týden shoduje s týdnem detekce nákazy.
- Prevalenci lze odvodit na základě data pozitivity a vyléčení.
- Lze hodnotit počet osob hospitalizovaných pro COVID-19 v jednotlivých letech dle stavu jejich vakcinace a DCCI
- Příklad konkrétního výstupu: uživatel hodnotí časový vývoj incidence COVID-19 v ČR (počet případů na 100 tisíc obyvatel v roce 2020 vs. v roce 2023), srovnává incidenci v různých věkových skupinách vzhledem k velikosti populace daného věku (tzv. věkově specifická prevalence).
Ochrana osobních údajů
Datová sada byla posouzena z hlediska souladu s následujícími právními předpisy v platném znění:
- Zákon č. 110/2019 Sb., o zpracování osobních údajů,
- Zákon č. 372/2011 Sb., o zdravotních službách a podmínkách jejich poskytování,
- Zákon č. 258/2000 Sb., o ochraně veřejného zdraví,
- Nařízení Evropského parlamentu a Rady (EU) 2016/679 ze dne 27. dubna 2016 o ochraně fyzických osob v souvislosti se zpracováním osobních údajů a o volném pohybu těchto údajů a o zrušení směrnice 95/46/ES,
- Zákon č. 106/1999 Sb., o svobodném přístupu k informacím,
- Směrnice (EU) 2019/1024 o otevřených datech a opakovaném použití informací veřejného sektoru (Směrnice o otevřených datech).
Pro odstranění rizika identifikace fyzických osob jsou data kompletně anonymizována. Časové údaje jsou prezentovány pouze po týdnech (rok), geografické údaje nejsou uváděny vůbec, rok narození pacienta je agregován na pětileté kategorie.
Klíčová slova dle MeSH (medicínsky specifický slovník)
ISIN, COVID-19, pozitivita, očkování, hospitalizace, JIP, mutace, úmrtí, Long COVID, DCCI
Klasifikace dle EuroVoc (multidisciplinární slovník EU)
NT1 infekční nemoc, NT1 epidemie
Popis parametrů
| ID atributu | Název | Název parametru v CSV | Popis parametru |
|---|---|---|---|
| 1 | Identifikátor řádku | ID | náhodný unikátní identifikátor řádku |
| 2 | Pořadí Infekce | Infekce | pořadí infekce pacienta |
| 3 | Pohlaví | Pohlavi | pohlaví pacienta |
| 4 | Kategorie roku narození | RokNarozeni | rok narození pacienta v 5letých kategoriích |
| 5 | Týden detekce nákazy | DatumPozitivity | rok a ISO týden pozitivity |
| 6 | Týden výsledku testu | DatumVysledku | rok a ISO týden výsledku testu |
| 7 | Týden vyléčení | Vylecen | rok a ISO týden vyléčení |
| 8 | Týden úmrtí | Umrti | rok a ISO týden úmrtí |
| 9 | Symptomy | Symptom | informace o tom, zda byl pacient v době testu symptomatický |
| 10 | Typ testu použitý k určení pozitivity | TypTestu | typ testu, který byl použit k identifikaci pozitivity |
| 11 | Týden první dávky očkování | Datum_Prvni_davka | rok a ISO týden první dávky očkování |
| 12 | Týden druhé dávky očkování | Datum_Druha_davka | rok a ISO týden druhé dávky očkování |
| 13 | Týden třetí dávky očkování | Datum_Treti_davka | rok a ISO týden třetí dávky očkování |
| 14 | Týden čtvrté dávky očkování | Datum_Ctvrta_davka | rok a ISO týden čtvrté dávky očkování |
| 15 | Týden páté dávky očkování | Datum_Pata_davka | rok a ISO týden páté dávky očkování |
| 16 | Týden šesté dávky očkování | Datum_Sesta_davka | rok a ISO týden šesté dávky očkování |
| 17 | Týden sedmé dávky očkování | Datum_Sedma_davka | rok a ISO týden sedmé dávky očkování |
| 18 | Druh první dávky očkování | OckovaciLatkaKod_Prvni_davka | kód druhu první dávky očkování |
| 19 | Druh druhé dávky očkování | OckovaciLatkaKod_Druha_davka | kód druhu druhé dávky očkování |
| 20 | Druh třetí dávky očkování | OckovaciLatkaKod_Treti_davka | kód druhu třetí dávky očkování |
| 21 | Druh čtvrté dávky očkování | OckovaciLatkaKod_Ctvrta_davka | kód druhu čtvrté dávky očkování |
| 22 | Druh páté dávky očkování | OckovaciLatkaKod_Pata_davka | kód druhu páté dávky očkování |
| 23 | Druh šesté dávky očkování | OckovaciLatkaKod_Sesta_davka | kód druhu šesté dávky očkování |
| 24 | Druh sedmé dávky očkování | OckovaciLatkaKod_Sedma_davka | kód druhu sedmé dávky očkování |
| 25 | Covidová příčina hospitalizace | PrimPricinaHospCOVID | pacient byl primárně hospitalizován z důvodu COVID |
| 26 | Hospitalizace při dané pozitivitě | bin_Hospitalizace | pacient byl hospitalizován s COVID |
| 27 | Týden začátku první hospitalizace při dané pozitivitě | min_Hospitalizace | rok a ISO týden začátku první hospitalizace při dané pozitivitě |
| 28 | Počet dní hospitalizace při dané pozitivitě | dni_Hospitalizace | počet dní hospitalizace. Hospitalizace mohla být přerušena a po tuto dobu nebyl počet dní hospitalizace počítán |
| 29 | Týden konce poslední hospitalizace při dané pozitivitě | max_Hospitalizace | rok a ISO týden konce poslední hospitalizace při dané pozitivitě |
| 30 | Hospitalizace na JIP při dané pozitivitě | bin_JIP | pacient byl hospitalizován na JIP s COVID |
| 31 | Týden začátku první hospitalizace na JIP při dané pozitivitě | min_JIP | rok a ISO týden začátku první hospitalizace na JIP při dané pozitivitě |
| 32 | Počet dní hospitalizace na JIP při dané pozitivitě | dni_JIP | počet dní hospitalizace na JIP. Hospitalizace mohla být přerušena a po tuto dobu nebyl počet dní hospitalizace počítán |
| 33 | Týden konce poslední hospitalizace na JIP při dané pozitivitě | max_JIP | rok a ISO týden konce poslední hospitalizace na JIP při dané pozitivitě |
| 34 | Hospitalizace na standartním lůžku při dané pozitivitě | bin_STAN | pacient byl hospitalizován na standartním lůžku s COVID |
| 35 | Týden začátku první hospitalizace na standartním lůžku při dané pozitivitě | min_STAN | rok a ISO týden začátku první hospitalizace na standartním lůžku při dané pozitivitě |
| 36 | Počet dní hospitalizace na standartním lůžku při dané pozitivitě | dni_STAN | počet dní hospitalizace na standartním lůžku. Hospitalizace mohla být přerušena a po tuto dobu nebyl počet dní hospitalizace počítán |
| 37 | Týden konce poslední hospitalizace na standartním lůžku při dané pozitivitě | max_STAN | rok a ISO týden konce poslední hospitalizace na standartním lůžku při dané pozitivitě |
| 38 | Hospitalizace s kyslíkem při dané pozitivitě | bin_Kyslik | pacient byl hospitalizován s kyslíkem s COVID |
| 39 | Týden začátku první hospitalizace s kyslíkem při dané pozitivitě | min_Kyslik | rok a ISO týden začátku první hospitalizace s kyslíkem při dané pozitivitě |
| 40 | Počet dní hospitalizace s kyslíkem při dané pozitivitě | dni_Kyslik | počet dní hospitalizace na JIP. Hospitalizace mohla být přerušena a po tuto dobu nebyl počet dní hospitalizace počítán |
| 41 | Týden konce poslední hospitalizace s kyslíkem při dané pozitivitě | max_Kyslik | rok a ISO týden konce poslední hospitalizace s kyslíkem při dané pozitivitě |
| 42 | Hospitalizace s HFNO při dané pozitivitě | bin_HFNO | pacient byl hospitalizován s HFNO s COVID |
| 43 | Týden začátku první hospitalizace s HFNO při dané pozitivitě | min_HFNO | rok a ISO týden začátku první hospitalizace s HFNO při dané pozitivitě |
| 44 | Počet dní hospitalizace s HFNO při dané pozitivitě | dni_HFNO | Počet dní hospitalizace na JIP. Hospitalizace mohla být přerušena a po tuto dobu nebyl počet dní hospitalizace počítán |
| 45 | Týden konce poslední hospitalizace s HFNO při dané pozitivitě | max_HFNO | rok a ISO týden konce poslední hospitalizace s HFNO při dané pozitivitě |
| 46 | Hospitalizace s UPV/ECMO při dané pozitivitě | bin_UPV_ECMO | pacient byl hospitalizován s UPV/ECMO s COVID |
| 47 | Týden začátku první hospitalizace s UPV/ECMO při dané pozitivitě | min_UPV_ECMO | rok a ISO týden začátku první hospitalizace s UPV/ECMO při dané pozitivitě |
| 48 | Počet dní hospitalizace s UPV/ECMO při dané pozitivitě | dni_UPV_ECMO | Počet dní hospitalizace na JIP. Hospitalizace mohla být přerušena a po tuto dobu nebyl počet dní hospitalizace počítán |
| 49 | Týden konce poslední hospitalizace s UPV/ECMO při dané pozitivitě | max_UPV_ECMO | rok a ISO týden konce poslední hospitalizace s UPV/ECMO při dané pozitivitě |
| 50 | Mutace | Mutace | mutace byla určena na základě vyšetření diskriminačního PCR a zachycených lokusů |
| 51 | Týden úmrtí dle LPZ | DatumUmrtiLPZ | rok a ISO týden úmrtí |
| 52 | Týden zaznamenání Long COVIDU | Long_COVID | rok a ISO týden vykázání prvního Long COVID |
| 53 | DCCI v době pozitivity | DCCI | DCCI = Deyova modifikace indexu komorbidit dle Charlsonové |