Podle zákona č. 372/2011 Sb., o zdravotních službách a podmínkách jejich poskytování (zákon o zdravotních službách), je správcem NZIS Ústav zdravotnických informací a statistiky ČR (ÚZIS).
Součástí Národního zdravotnického informačního systému jsou:
- data z rezortního Programu statistických zjišťování a ze statistických zjišťování prováděných ministerstvem mimo program statistických zjišťování sbíraná podle zákona o státní statistické službě,
- národní zdravotní registry,
- Národní registr poskytovatelů,
- Národní registr zdravotnických pracovníků,
- národní zdravotní registry vedené podle zákona upravujícího transplantace,
- data přebíraná z informačních systémů infekčních nemocí vedených podle zákona o ochraně veřejného zdraví,
- Národní registr hrazených zdravotních služeb,
- data z Listů o prohlídce zemřelého,
- data o nákladovosti hospitalizací předaná poskytovateli z referenční sítě poskytovatelů podle zákona o veřejném zdravotním pojištění,
- data ze statistických zjišťování prováděných statistickým ústavem (ÚZIS ČR).
Správcem osobních údajů v Národním registru dárců orgánů, Národním registru osob čekajících na transplantaci orgánů a Národním registru provedených transplantací orgánů je Koordinační středisko transplantací. Společnými správci informačních systémů infekčních nemocí a dalším registrů vedených podle zákona o ochraně veřejného zdraví jsou Ministerstvo zdravotnictví a krajské hygienické stanice.
Národní zdravotnický informační systém (NZIS) je tedy klíčovým zdrojem dat a informací o českém zdravotnictví a zdraví české populace. V roce 2014 byla zahájena jeho rozsáhlá modernizace, rozvoj a inovace, které z něj vytvořily moderní datovou a informační platformu podporující jak rozhodovací procesy na různých úrovních zdravotnického systému, tak i zdravotní gramotnost široké veřejnosti. Robustní a plně funkční datová základna NZIS je východiskem pro využití sbíraných dat, například formou komplexních ad hoc analýz nebo publikace datových souborů a vizualizací. Aktuální seznam komponent NZIS je k dispozici i formou otevřené datové sady.