Preskripční omezení určuje, který lékař se specializovanou způsobilostí může léčivý přípravek předepsat k úhradě z prostředků veřejného zdravotního pojištění. V rozhodnutí o úhradě může být uvedeno, že léčivý přípravek může předepsat pouze lékař v něm uvedený anebo i jiný lékař, kterého lékař uvedený v rozhodnutí předepisováním léčivého přípravku pověří.
Zároveň může Státní ústav pro kontrolu léčiv stanovit indikační omezení, tzn. určení skupiny pacientů nebo onemocnění, u nichž bude léčivý přípravek z prostředků veřejného zdravotního pojištění hrazen. Indikační i preskripční omezení jednotlivých léčivých přípravků jsou uvedeny v Seznamu hrazených LP/PZLÚ nebo v pomocných číselnících zveřejněných na webových stránkách Státního ústavu pro kontrolu léčiv.
Při každém řízení o stanovení, resp. změně základní úhrady skupiny v zásadě terapeuticky zaměnitelných léčivých přípravků, musí Státní ústav pro kontrolu léčiv zkoumat, zda je zajištěna plná úhrada (tzn. žádný doplatek pacienta) alespoň jednoho léčivého přípravku ve skupině přípravků ze skupiny léčivých látek uvedených v Příloze č. 2 zákona o veřejném zdravotním pojištění. Příloha č. 2 zákona o veřejném zdravotním pojištění obsahuje v současné době 195 skupin léčivých látek. Pouze v těchto skupinách léčivých látek tedy zákon ukládá povinnost mít plně hrazený léčivý přípravek.
Ne všechny skupiny léčivých přípravků jsou zařazeny do některé skupiny Přílohy č. 2. Neplatí proto obecně proklamovaný názor, že v každé referenční skupině, musí být alespoň jeden přípravek plně hrazen. Státní ústav pro kontrolu léčiv musí nejdřív zjistit, zda daná referenční skupina náleží do skupiny Přílohy č. 2. Pokud nepatří, neplatí povinnost zajišťovat plnou úhradu léčivého přípravku v projednávané skupině. Pokud referenční skupina náleží do skupiny Přílohy č. 2, musí SÚKL zkoumat, zda je zajištěna plná úhrada alespoň jednoho léčivého přípravku.
Za předpokladu, že je plná úhrada zajištěna, neupravuje dál vypočtenou základní úhradu. Pokud nebude zajištěna plná úhrada alespoň jednoho léčivého přípravku ve skupině z Přílohy č. 2, je Státní ústav pro kontrolu léčiv povinen upravit základní úhradu tak, aby byl nejméně nákladný léčivý přípravek plně hrazen. V takovém případě pak při stanovení základní úhrady vychází z ceny takového léčivého přípravku v ČR.