Patogen je jakýkoli organismus, činitel, faktor nebo proces, který je schopen vyvolat nějakou nemoc (v doslovném překladu „způsobit patologický proces“). Mezi patogeny se tradičně řadí zejména infekční agens, ale v širším slova smyslu tento pojem zahrnuje třeba i některé fyzikální faktory, jako je např. ionizující záření.
Odvozené přídavné jméno je patogenní.
Viz také infekční agens, patogeneze, patogenita, patogenní, patologický, patologie.