AZV ČR v rámci své činnosti zajišťuje:
- přípravu programů a dalších aktivit v oblasti aplikovaného biomedicínského výzkumu včetně veřejných soutěží ve výzkumu, vývoji a inovacích na podporu programových projektů (dále jen „projekt“),
- hodnocení a výběr návrhů projektů,
- přípravu podkladů pro poskytování účelové podpory projektů na základě smluv o poskytnutí podpory nebo rozhodnutí o poskytnutí podpory,
- kontrolu plnění smluv o poskytnutí podpory nebo rozhodnutí o poskytnutí podpory a čerpání účelové podpory,
- hodnocení a kontrolu průběhu řešení a plnění cílů projektů a kontrolu jimi dosažených výsledků,
- jednání s příslušnými orgány České republiky nebo Evropské unie v otázce posuzování slučitelnosti poskytované podpory se společným trhem,
- spolupráci s obdobnými zahraničními agenturami.
AZV ČR zajišťuje podklady pro poskytování účelové podpory v souladu s Národní politikou výzkumu, experimentálního vývoje a inovací České republiky, na základě provedené veřejné soutěže ve výzkumu, vývoji a inovacích podle zákona, a to na projekty, ve kterých cíle a způsoby řešení v aplikovaném výzkumu stanovuje sám příjemce.