Patogenetický mechanismus neboli mechanismus patogeneze je obecně způsob, jakým daný patogen vyvolá nějakou nemoc.
V užším slova smyslu se patogenetickým mechanimem rozumí způsob, jakým choroboplodný zárodek (virus, bakterie, houba či parazit) infikuje hostitele a vyvolá v něm infekční onemocnění.
Viz také patogeneze.