Genotyp v souvislosti s virologií nebo parazitologií znamená podkategorii daného viru nebo parazita.
Příklad č. 1 (virologie): U viru hepatitidy C (HCV) (způsobujícího virovou hepatitidu C) je známo nejméně šest genotypů, které jsou označovány čísly 1 až 6 (někteří autoři však uvádějí i více genotypů). Podobně jako jiné viry má i HCV schopnost mutovat, což vedlo ke vzniku různých genetických variant HCV, označovaných jako genotypy. Různé genotypy se často (nikoli však výhradně) vyskytují v různých částech světa. Genotypy 1, 2 a 3 jsou rozšířeny po celém světě. Nejčastější jsou typy 1a a 1b, které představují přibližně 60 % celosvětových infekcí. Převažují v severní Evropě a Severní Americe, ale také v jižní a východní Evropě a Japonsku. Genotyp 2 je zastoupen méně často než typ 1, vyskytuje se převážně v západní Africe. Genotyp 3 je endemický v jihovýchodní Asii. Genotyp 4 se vyskytuje hlavně na Blízkém východě, v Egyptě a ve střední Africe. Genotyp 5 se vyskytuje téměř výhradně v jižní Africe, genotyp 6 v jihovýchodní Asii.
Příklad č. 2 (parazitologie): Cystickou echinokokózu způsobuje tasemnice Echinococcus granulosus sensu lato. Mezi známé zoonotické genotypy v rámci komplexu Echinococcus granulosus sensu lato patří „klasický“ Echinococcus granulosus sensu stricto (genotypy G1–G3), dále Echinococcus ortleppi (G5) a také skupina Echinococcus canadensis (obvykle označovaná jako G6, G7, G8 a G10). (Poznámka: Výzkum epidemiologie a rozmanitosti těchto genotypů stále pokračuje a dosud nebylo dosaženo jednoznačné shody ohledně názvosloví.)
Viz také genotyp (v genetice).