Informační systém infekčních nemocí (ISIN) slouží k získávání epidemiologických údajů o výskytu pacientů s infekčními onemocněními (mj. i pacientů s COVID-19). Jde o univerzální systém, jehož účelem je získávání informací o výskytu infekčních onemocnění k posouzení vývoje epidemiologické situace na území ČR, ke sledování zdravotního stavu obyvatelstva a k řízení poskytovaní zdravotní péče.
Za účelem sledování onemocnění COVID-19 byly do systému doplněny nové moduly sloužící pro zadávání dat ze strany krajských hygienických stanic, laboratoří a nemocnic starajících se o hospitalizované pacienty. Vznikající data jsou využita jak pro popisnou analýzu situace, tak jako jeden ze vstupů epidemiologických modelů COVID-19 v ČR. ISIN se tak stal ústředním informačním systémem pro sběr dat o výsledcích testů a pacientech s pozitivním výsledkem na přítomnost viru SARS-CoV-2.
Statistickou jednotkou v systému je vybrané infekční onemocnění. Hlásí se potvrzené onemocnění, podezření z onemocnění, nosičství, úmrtí. Tyto povinnosti jsou upraveny zákonem č. 258/2000 Sb., o ochraně veřejného zdraví, ve znění pozdějších předpisů.
Předmětem hlášení nejsou některá závažná infekční onemocnění sledovaná jinými samostatnými informačními systémy a registry. Jedná se o onemocnění tuberkulózou (dg. A15–A19), infekce přenášené převážně sexuálním stykem (dg. A50–A64, viz sexuálně přenosné infekce) a onemocnění virem lidské imunodeficience (dg. B20–B24). Samostatný informační systém mají také akutní respirační infekce (ARI) a chřipce podobná onemocnění (ILI).