Autochtonní znamená „pocházející z místa, kde se nachází“, případně „původní“ či „vzniklý v daném místě“. Lze tak označit i nemoc získanou v místě, kde se nachází pacient. Příklady:
V zemích jižní Evropy se z leishmanií nachází autochtonně pouze Leishmania infantum.
(Jinými slovy, pokud se zde vyskytne jiný druh leishmanie, byl sem zavlečen z jiného regionu.)
Byl zaznamenán autochtonní výskyt západonilské horečky na jižní Moravě.
(Touto nemocí se obvykle lidé nakazí v zahraničí, ale v tomto případě nakažení pacienti nikam nevycestovali.)
Viz také import (v epidemiologii).