Třídění probíhá podle předem stanovených kritérií, tedy známých klasifikačních pravidel. Pro klasifikaci využívá systém CZ-DRG známé charakteristiky hospitalizačního případu popsané s využitím primárních klasifikačních systémů, kterými v případě CZ-DRG jsou Mezinárodní klasifikace nemocí 10. revize (MKN-10) a Seznam zdravotních výkonů s bodovými hodnotami vydávaný Ministerstvem zdravotnictví ČR. Vývoj nového klasifikačního systému CZ-DRG lze charakterizovat následujícími principy:
- Návaznost struktury systému CZ-DRG na obecně platné strukturální prvky mezinárodních DRG systémů – struktura CZ-DRG respektuje společné prvky mezinárodních DRG systémů, zejména hierarchické uspořádání, členění systému dle MDC, využití rutinně sbíraných informací o hospitalizaci pacienta, apod.
- Rozšíření hierarchické struktury klasifikačního systému CZ-DRG o jednu úroveň – pro lepší klinickou srozumitelnost vnitřní struktury systému CZ-DRG jsme rozšířili jeho hierarchickou strukturu (proti systému IR-DRG, který má tři úrovně) o jednu úroveň, tzv. DRG kategorii, která je v taxonomii podřazena MDC a nadřazena DRG bázi, což umožní specifikovat DRG báze na míru konkrétním klinickým stavům.
- Vytvoření komplexních klasifikačních pravidel – klasifikační systém CZ-DRG využívá pro klasifikaci HP na jednotlivých úrovních další proměnné (atributy), které jsou relevantní vzhledem k jednotlivým onemocněním a klinickým stavům a s nimi souvisejícími náklady na hospitalizaci.
Jeden ze základních požadavků na DRG klasifikační systémy hospitalizačních případů je využití rutinně sbíraných údajů o hospitalizaci pacienta. Informace o klinickém stavu pacienta a poskytnuté zdravotní péči je potřeba popsat pomocí kódů, proto klasifikační systémy DRG jsou ve skutečnosti sekundárními klasifikačními systémy, neboť pro svá pravidla využívají jiné klasifikační systémy, tzv. primární klasifikace. Postup návrhu DRG bází zahrnuje kromě samotné definice a parametrizace DRG bází i přípravu předchozích pater hierarchické struktury klasifikačního systému CZ-DRG, což zahrnuje následující kroky: revize seznamu a obsahu MDC, návrh DRG kategorií, oponentura DRG kategorií, návrh DRG bází, oponentura DRG bází.