Mykotoxiny jsou přirozeně se vyskytující toxiny, které jsou produkovány některými plísněmi a mohou se vyskytovat v potravinách. Plísně rostou na různých plodinách a potravinách, včetně obilovin, ořechů, koření, sušeného ovoce, jablek, kávových zrn apod. – často v teple a vlhku. Mykotoxiny mohou způsobovat různé zdravotní potíže, ať už akutní (zejména otravy) nebo chronické (například poruchy imunity či zhoubné nádory).
Viz také toxin.