Mutagen je cokoli, co způsobuje mutaci, tj. změnu v DNA buňky. Změny DNA způsobené mutageny mohou poškozovat buňky a způsobovat některá onemocnění, zvláště pak nádorová onemocnění. Mezi mutageny se řadí například radioaktivní látky, rentgenové záření, ultrafialové záření a některé chemické látky, ať již synteticky připravené (např. kyselina dusitá), nebo přírodního původu (např. aflatoxiny).
Odvozené přídavné jméno je mutagenní.