Mikroorganismy jsou (živé) organismy příliš malé na to, aby byly viditelné pouhým okem. Patří mezi ně zejména bakterie, dále kvasinky, některé plísně a někteří parazité.
Poznámka: Viry jsou rovněž mikroskopické částice (tzn. lze je pozorovat pouze pod mikroskopem), ale z biologického hlediska nejsou živé: samostatně nejsou schopny ani rozmnožování, natož dalších základních projevů života.
Studiem mikroorganismů se zabývá mikrobiologie.
Viz také mikro-.