Mikrobiom je souhrnné označení pro kompletní genetickou informaci všech mikroorganismů, které žijí v určitém vymezeném prostředí, jako je například půda či vodní nádrž, ale i povrch nebo různé vnitřní části živého organismu.
Terminologická poznámka: Pojem „mikrobiom“ je velmi často (a ne vždy zcela správně) zaměňován s pojmem mikrobiota.
Viz také mikro-.