Kompenzace v souvislosti s lékařstvím znamená „vyrovnání poruchy struktury nebo funkce“. Lze ji také definovat jako proces, při němž je tendence ke změně v určitém směru vyvažována jinou změnou tak, aby se původní změna pokud možno neprojevila.
Odvozené přídavné jméno je kompenzační, odvozené sloveso je kompenzovat.
Příklady:
Při chlopenních vadách je narušena funkce jedné nebo více srdečních chlopní, čímž dochází k trvalým změnám v průtoku krve srdcem a v důsledku toho i celým oběhovým systémem. Příznaky se však mnohdy objeví až dlouho po vzniku chlopenní vady, protože srdce obvykle dokáže poruchy po dlouhou dobu kompenzovat.
Přijde-li člověk o ledvinu (ať již následkem úrazu, nebo záměrně, zejména při dárcovství), druhá ledvina převezme její činnost a dokáže „pracovat za dvě“.
Organismus dokáže do jisté míry kompenzovat i poruchy acidobazické rovnováhy (acidóza, alkalóza).
Viz také dekompenzace.