Kolonizace znamená „osídlení“. V souvislosti s lékařstvím se nejčastěji jedná o rozvoj bakteriální infekce u konkrétního člověka (tj. „osídlení“ lidského hostitele nějakou bakterií), což lze prokázat laboratorní kultivací odebraného vzorku – nejčastěji stěru z nějaké sliznice. Nakažený člověk nemusí mít žádné příznaky infekce, přitom však může nakazit další lidi.
Odvozené sloveso je kolonizovat.