Kokcidie jsou parazité, kteří jsou původci mnoha infekčních onemocnění lidí i zvířat a přenášejí se fekálně-orální cestou. Z biologického hlediska se jedná o tzv. výtrusovce (lat. Apicomplexa). Konkrétními příklady kokcidií jsou:
Cyclospora cayetanensis – původce cyklosporózy,
Toxoplasma gondii – původce toxoplazmózy,
apod.