Endogenní infekce je nákaza, při níž je člověk sám sobě zdrojem choroboplodného zárodku. Endogenní infekci mohou vyvolat mikroorganismy, které jsou normální součástí lidské mikrobioty, pokud má člověk například oslabenou imunitu.
Viz také endogenní, infekce, exogenní infekce.