Bifidobakterie (lat. Bifidobacterium) jsou rodem bakterií, které jsou významnou součástí lidského mikrobiomu. Vyskytují se zejména v trávicím traktu a v ženském reprodukčním systému. Bifidobakterie se řadí mezi „hodné bakterie“, protože se svým hostitelem (člověkem) mají tzv. mutualistický vztah: bifidobakterie chrání člověka před případnou infekcí patogeny (tedy „zlými bakteriemi“), zatímco člověk bifidobakteriím poskytuje zdroj živin. Bifidobakterie se řadí mezi probiotika, která se vyskytují v některých kysaných mléčných výrobcích.
Viz také bakterie.