Mezi jeho hlavní úkoly patří zapojování zástupců pacientů jako aktérů na Ministerstvu zdravotnictví ČR i mimo něj do řízení a procesů, které se týkají práv pacientů, dále jejich informování a vzdělávání a podpora činnosti pacientských organizací.
Oddělení pořádá pravidelná setkávání s pacientskými organizacemi, která slouží především k informování o aktuálních tématech a navazování spolupráce. Zajišťuje činnost Pacientské rady, což je stálý poradní orgán ministra zdravotnictví složený ze zástupců pacientských organizací, který funguje jako zprostředkovatel hlasu pacientů na ministerstvu, a jejích pracovních skupin, díky kterým jsou pacienti skrze své zástupce zapojeni do rozhodovacích procesů nebo tvorby nových koncepcí na ministerstvu. Dále zprostředkovává zastoupení pacientů na pracovních skupinách ministerstva.
Aktuální informace o setkáních pro pacientské organizace, jednáních Pacientské rady a jejích pracovních skupin naleznete na webovém portálu https://pacientskeorganizace.mzcr.cz. Webový portál také obsahuje databázi pacientských organizací.
