Tato nová centrální evidence naplňuje i další výzvu, kterou je reprezentativnost dat. Centrální evidence založená na administrativním hlášení plátcům péče je totiž neúplná, neboť zahrnuje pouze očkování hrazená z veřejného zdravotního pojištění. K hodnocení vakcinace samoplátců nebo vakcinace s jiným zdrojem úhrady (např. zaměstnavatelem) byla v ČR využívána průřezová šetření, která administrativně zatěžují odborný zdravotnický personál a mají mnoho metodických limitů.
Nově budovaný systém si klade za cíl implementovat nástroje, které sledování očkování efektivně elektronizují.