Ministerstvo zdravotnictví České republiky (MZ ČR) přímo řídí některá zdravotnická zařízení. Stručnou charakteristiku těch největších a nejvýznamnějších z nich najdete v níže uvedeném přehledu. Úplný výčet zdravotnických zařízení a dalších organizací přímo řízených MZ ČR najdete v článku Ministerstvo zdravotnictví České republiky.
Institut klinické a experimentální medicíny (IKEM) byl založen v roce 1971. Zaměřuje na léčbu kardiovaskulárních chorob, transplantace orgánů, diabetologii a léčbu poruch metabolismu se spádovostí celé České republiky.
Masarykův onkologický ústav (MOÚ) v Brně je specializovaným onkologickým centrem s nadregionální působností. V ústavu jsou soustředěny všechny nezbytné medicínské obory pro zajištění komplexní onkologické péče, která zahrnuje prevenci, epidemiologii, diagnostiku, jednotlivé modality protinádorové léčby a rehabilitaci.
Všeobecná fakultní nemocnice v Praze (VFN) představuje významné zdravotnické zařízení, patřící mezi největší nemocnice nejen v České republice. VFN je vybraným zdravotnickým, vzdělávacím a výzkumným zařízením určeným MZ ČR. Úzce spolupracuje nejen s 1. lékařskou fakultou UK, ale také s dalšími fakultami vysokých škol a vytváří tak velkou základnu diagnostické a léčebné péče i vědy a výzkumu.
Fakultní nemocnice Brno poskytuje pacientům všech věkových kategorií specializovanou a superspecializovanou péči ve všech oborech medicíny v souladu s dostupnými poznatky současné lékařské vědy.
Fakultní nemocnice Olomouc je špičkovým centrem v mnoha oborech současné medicíny. Významně působí i v oblasti vědy a výzkumu a vzdělávání budoucích zdravotníků. Nemocnice je součástí národní sítě komplexních onkologických, hematoonkologických, traumatologických, kardiovaskulárních a cerebrovaskulárních center.
Fakultní nemocnice Ostrava poskytuje dospělým i dětem ambulantní a lůžkovou základní, specializovanou a superspecializovanou diagnostickou i léčebnou péči.